Anexo al Palacio Imperial está el Yasukuni-jinja, un santuario o cementerio cuyo nombre significa "reposo del país". Se construyó a mediados del siglo XIX en honor a los defensores del Emperador durante la restauración Meiji. Desde entonces también se ha ido ampliando para acoger a los muertos en las sucesivas guerras del país. Se dice que los kamikazes japoneses antes de su muerte decian "nos vemos en Yasukuni".
Yasukuni es hoy todavía un monumento controvertido pues es el simbolo del nacionalismo sintoista japonés. Muchos detractores dicen que aquí estan enterrados grandes criminales de la guerra del pacífico como el general Tōjō y ven en este monumento malos recuerdos del Japón sintoista. Cada vez que los ministros nipones visitan el Yasukuni se producen fuertes protestas de los paises vecinos, dado que estos consideran a muchos generales aquí enterrados criminales de guerra.
En Yasukuni hay un museo militar tremendo con ropas y objetos de soldados muertos y un nada más y nada menos que un bombardero kamikaze en mitad de la sala.
